陸軍總醫院在北京，而鼓樓醫院在南京，通常來說這兩家醫院都是比較好的，而且各自擅長診治的項目不同，所以也沒有可比性。從臨床醫學來講，陸軍總醫院是大型綜合性醫院，而鼓樓醫院是國內最早的西醫院之一。目前來說，南京鼓樓醫院擅長骨科、精神科等，而陸軍總醫院擅長的科室有泌尿外科、腎臟病科，患者可以視情況就診。