試管5天冷凍囊胚移植第五天頭疼可能是由于藥物副作用引起的，特別是在移植前后有嚴格按照醫務工作人員的指導進行黃體酮藥物使用的患者，因為該藥物可能會引起頭痛、惡心、乳房脹痛等不良反應。另外，試管嬰兒移植后，如果存在壓力非常大、焦慮，或者是緊張的情況，也可能會導致頭痛、失眠等不適。